সেপ্টেম্বর ৯/১১ ২০০১-র সন্ত্রাসবাদী হামলা সম্পর্কে সন্দেহ প্রকাশ করায়,ইরানের প্রেসিডেন্ট মাহমুদ আহমেদিনেজাদের কড়া সমালোচনা করল আল কায়দা। "আহমেদিনেজাদ হাস্যকর তত্ত্ব সাজাচ্ছেন` বলে মন্তব্য করা হয়েছে ওই জঙ্গি সংগঠনের অনলাইন পত্রিকায়। এক সাক্ষাত্‍কারে ইরানের প্রেসিডেন্ট জানিয়েছেন,২০০১ সালের ১১ সেপ্টেম্বর ওয়ার্ল্ড ট্রেড সেন্টারে কোনও জঙ্গি হামলা হয়নি। গোটা বিষয়টাই মার্কিন যুক্তরাষ্ট্রের "ষড়যন্ত্র`। আহমেদিনেজাদের দাবি,ওয়ার্ল্ড ট্রেড সেন্টারের মধ্যে সেদিন বিস্ফোরক রাখা ছিল। "সেনাবাহিনী কিংবা গোয়েন্দামহলের নজর এড়িয়ে কিছু বিমান ক্ষেপণাস্ত্রের মতো আমেরিকার হৃদয়ে আঘাত হানল,এটা বিশ্বাসযোগ্য নয়` বলে মন্তব্য করেছেন আহমেদিনেজাদ। সেপ্টেম্বর-সন্ত্রাসকে ঘিরে একাধিক "ষড়যন্ত্রের তত্ত্ব` রয়েছে। আহমেদিনেজাদ তারই একটির কথা উল্লেখ করেছেন। তার জবাবে আল কায়দার মন্তব্য "ইরানের ইর্ষা হয়েছে। কারণ আল কায়দা যা করতে পেরেছে,ইরানের সেই হিম্মত নেই `। আল কায়দার অনলাইন পত্রিকা "ইন্সপায়ার`-এ লেখা সম্পাদকীয়তে বলা হয়েছে "ইরানের মার্কিন বিরোধিতা আসলে রাজনীতির খেলা । যখন প্রয়োজন পড়ে তেহরান আমেরিকার নিন্দা করে। আবার স্বার্থেরক্ষার জন্য মার্কিন যুক্তরাষ্ট্রের সঙ্গে হাত মেলায় ইরান`। আফগানিস্তান আক্রমণের সময় ইরান কীভাবে আমেরিকার সঙ্গে সহযোগিতা করেছিল তা উল্লেখ করা হয়েছে আল কায়দার প্রবন্ধে। প্রবন্ধের লেখক আবু সোহেলের প্রশ্ন "ইরানের প্রেসিডেন্ট আজগুবি সব গল্প বলে বেড়াচ্ছেন কেন ?যাতে না আছে যুক্ত,না প্রমাণ`।