பூண்டில் பல நன்மைகள் இருந்தபோதிலும், சில பிரச்சனைகள் இருந்தால், அதனை எடுத்துக் கொள்வதை தவிர்க்க வேண்டும்.
ஆசிடிட்டி, நெஞ்செரிச்சல் பிரச்சனை உள்ளவர்கள் காலி வயிற்றில் பூண்டு சாப்பிட்டால் பிரச்சனை அதிகரிக்கும்.
வயிற்றுப்போக்கு இருந்தால் காலி வயிற்றில் பூண்டு எடுத்துக் கொள்வது பிரச்சினையை அதிகரிக்கும்.
கல்லீரல் தொடர்பான பிரச்சனை இருந்தால் காலையில் வெறும் வயிற்றில் பூண்டு எடுத்துக் கொள்ளக் கூடாது.
பூண்டில் உள்ள அலிசின் என்ற கலவை கல்லீரலுக்கு சேதத்தை உண்டாக்கும்.
கர்ப்பிணி பெண்களும் காலி வயிற்றில் பூண்டு எடுத்துக் கொள்வதை தவிர்க்க வேண்டும்
வாய் துர்நாற்ற பிரச்சனை இருப்பவர்கள் வெறும் வயிற்றில் பூண்டு எடுத்துக் கொள்வதை நிச்சயம் தவிர்க்க வேண்டும்.
சூடான உடல்வாகு கொண்டவர்கள் வெறும் வயிற்றில் பூண்டு எடுத்துக் கொள்வதை தவிர்க்க வேண்டும்.