వాజ్ పేయి ప్రధానిగా ఉన్నప్పుడే పోఖ్రాన్లో పరమాణు పరీక్షను నిర్వహించారు. 1998 మే నెలలో ఈ పరీక్ష చేపట్టారు. ఈ పరీక్షతో భారత్ అణుశక్తి దేశంగా ఆవిర్భవించింది. ప్రపంచదేశాల్లో భారతదేశం కూడా తన సత్తాను చాటింది. అయితే ఆ పరీక్ష జరిగాక పొగడ్తలతో పాటు విమర్శలు కూడా ఆయనపై వచ్చాయి. అయితే అప్పుడు వాజ్పేయి తామేదో ఆత్మ సంతృప్తి కోసం ఈ పోఖ్రాన్ పరీక్ష జరపలేదని.. ఈ పరీక్ష ఓ ఆత్మరక్షణ చర్య అని పేర్కొన్నారు.
భారత్ ఎప్పుడూ ఆత్మ రక్షణ బలాలను పెంపొందించుకోవాలని.. అప్పుడే ప్రపంచదేశాల్లో మనం తలెత్తుకొని తిరగగలమని ఆయన తెలిపారు. అయితే తాము అణు పరీక్షలు జరపడానికి కారణం... అణుశక్తితో యుద్ధాలను అడ్డుకోవాలని మాత్రమే అని అభిప్రాయపడ్డారు. ఈ విషయంలో అంతర్జాతీయంగా తమపై ఒత్తిళ్లు వచ్చినా తట్టుకోగలమని ఆయన అన్నారు. రాజస్థాన్లో చాలా రహస్యంగా పోఖ్రాన్ ఎడారిలో అయిదు భూగర్భ అణుపరీక్షలను భారత్ వాజ్పేయి హయాంలో నిర్వహించింది. ముఖ్యంగా ఈ అణుపరీక్ష పాకిస్తాన్కు కంటగింపు కలిగించింది.
1974లో భారత్ తొలిసారిగా పోఖ్రాన్లో అణు పరీక్షలు నిర్వహించింది. ఆ తర్వాత రెండవ సారి కూడా పీవీ నరసింహరావు ప్రధానిగా ఉన్నప్పుడు ఈ పరీక్షలను చేయాలని ప్రభుత్వం భావించింది. అయితే అమెరికా నుండి వచ్చిన ఒత్తిళ్లకు ఆ ప్రభుత్వం రాజీ పడిపోయింది. కానీ వాజ్పేయి ఈ పరీక్షల కోసం అనేక వ్యూహాలను రచించడం విశేషం. ముఖ్యంగా అమెరికా కళ్లుగప్పి ఈ పరమాణు పరీక్షను చాలా కట్టుదిట్టమైన ఏర్పాట్ల మధ్య జరిపారు. క్యాబినెట్లో ఎవరో ఒకరిద్దరు ముఖ్యమైన వారికి తప్పితే.. ఇంకెవరికి కూడా ఈ పరీక్షల గురించి తెలియకుండా జాగ్రతపడ్డారు. అనిల్ కకోద్కర్, అబ్దుల్ కలాం లాంటి శాస్త్రవేత్తల సహాయం తీసుకొని.. మే 11, 13 తేదిల్లో చాలా చాకచాక్యంగా అయిదు అణు పరీక్షలను రహస్యంగా పోఖ్రాన్లో నిర్వహించారు.
అమెరికా కూడా ఆ తర్వాత భారత్ అణుపరీక్షల గురించి తాము తెలుసుకోలేకపోవడం తమ ఓటమేనని ఒప్పుకుంది. అయితే వాజ్పేయి కూడా ఈ అణుపరీక్షలకు సంబంధించిన క్రెడిట్ అంతా తనదేనని ఎప్పుడూ చెప్పుకోలేదు. ఆ పరీక్షల వెనుక ఉన్న మాస్టర్ మైండ్ పివి నరసింహారావు అని.. ఆయన హయాంలోనే ఈ పరీక్షలకు తగ్గ ప్లాన్ రెడీ అయ్యిందని.. తమ ప్రభుత్వం కేవలం ఆ ప్లాన్ను ఆచరణలో పెట్టిందని చెప్పి తన హుందాతనాన్ని చాటుకున్న నేత వాజ్పేయి.
ప్రతిపక్షాలు కూడా మంచి చేస్తే పొగడడం వాజ్పేయి అలవాటు. 1974లో ఇందిర నిర్వహించిన పోఖ్రాన్ అణుపరీక్షల్ని గట్టిగానే సమర్థించారు వాజ్పేయి. ప్రధానిని ఓ విపక్షనేత ప్రశంసించడం అనేది ఆ విధంగా ప్రపంచ రాజకీయాల్లోనే ఒక అరుదైన విషయంగా మిగిలిపోయింది. వాజ్పేయి తలపెట్టిన పోఖ్రాన్ అణు పరీక్ష వల్ల పాకిస్తాన్కి యుద్ధభయం కలిగినా.. తాను మాత్రం స్నేహహస్తం చాచారు. ఢిల్లీ-లాహోర్ బస్సుయాత్రకు శ్రీకారం చుట్టి అందరినీ ఆశ్చర్యపరిచారు. ఏ సమస్యకైనా పరిష్కారాలు చర్చల ద్వారానే సిద్ధిస్తాయని నమ్మిన వ్యక్తి వాజ్పేయి. అయినా సరే.. ప్రత్యర్థులు దెబ్బ తీయడానికి చూస్తే ఉపేక్షించేది లేదని చాటిన వ్యక్తి కూడా.
1999 మే-జులై నెలల మధ్య భారత్-పాకిస్తాన్ సరిహద్దు ప్రాంతమైన కార్గిల్లో జరిగిన యుద్ధాన్ని (ఆపరేషన్ విజయ్)ను తొలుత తీవ్రవాదుల దాడిగా పలువురు పేర్కొన్నారు.అయితే ఆ తర్వాత పాకిస్తాన్ ప్రేరణతోనే అది జరిగిందన్న విషయం వెలుగులోకి వచ్చింది. ఇక ఉపేక్షిస్తే లాభం లేదని భారత సైన్యం రంగంలోకి దిగి దీటుగానే స్పందించింది. ప్రత్యర్థికి చెమటలు పట్టించి విజయం సాధించింది.